Zu seinen Lebzeiten fand das künstlerische Werk Karl Junkers kaum Beachtung. Wohl nur kurze Zeit bemühte er sich selbst um Anerkennung, indem er sich an Ausstellungen und Wettbewerben beteiligte oder es zumindest versuchte. Da er auch kaum Kontakt zu Kollegen oder Sammlern pflegte, befand sich bei seinem Tod der wohl weitgehend komplette künstlerische Nachlaß in seinem Besitz. 1913, ein Jahr nach seinem Tod, zeigte eine Ausstellung der "Neuen Sezession" in Berlin über 50 im Besitz zweier Sammler befindliche Gemälde, Aquarelle, Entwürfe und Holzreliefs Karl Junkers. Doch dieser Versuch einer Entdeckung des Künstlers schlug fehl. Über Jahrzehnte blieb sein malerisches und bildhauerisches Werk weiterhin unbekannt. Gegenstand der Beachtung aber blieb das Junkerhaus, über dessen Entstehen sich bald Legenden rankten. Unter dem Einfluß von Hans Prinzhorn ("Bildnerei der Geisteskranken", 1922) wurde Junker in den späten 20er Jahren von der Psychiatrie "entdeckt" und sein künstlerisches Werk als das eines Nicht-Normalen gedeutet. 1978 machte der Kölner Kunstpsychologe Wilhelm Salber mit einer Ausstellung im "Kölnischen Kunstverein" und einer Veröffentlichung den Versuch der Rehabilitation des Künstlers Karl Junker. Die Architekturgeschichte würdigt Junker inzwischen als einen Vorläufer des Expressionismus. Aber auch eine stilistische Verwandtschaft zum Historismus wie auch zum Jugendstil wird ihm von kunsthistorischer Seite zugesprochen. Dennoch entzieht sich das Werk Junkers einer klaren Einordnung und Bewertung. Es ist jedoch anzunehmen, daß sein Schaffen nicht auf psychopathologische Ursachen zurückzuführen ist, sondern Ausdruck eines bewußten künstlerischen Wollens. Sein Werk besteht heute aus einer Vielzahl von Ölgemälden, Aquarellen, Gouachen und Zeichnungen, Architekturmodellen, geschnitzten Reliefs und Skulpturen sowie zahlreichen Möbeln. Ein Teil seines Werkes zählt zur Ausstattung des Junkerhauses. Architektur, Holzbildhauerei und Malerei bilden hier eine Einheit. Der gesamte, im Besitz der Stadt Lemgo befindliche, künstlerische Nachlaß ist inzwischen verzeichnet und dokumentiert.